MORTAL KOMBAT ANNIHILATION"Mortal Kombat no trata de la muerte, sino más bien de la preservación de la vida".

Liu Kang y otros guerreros decidieron el resultado del décimo torneo derrotando al hechicero Shang Tsung. De acuerdo a las reglas del torneo La Tierra puede descanzar en paz por una generación más. Pero hay alguien del Outworld que al parecer, tiene un punto de vista muy distinto.

Shao Kahn, emperador del Outworld, enfurecido por la derrota de Shang Tsung en el torneo, decide romper las reglas sagradas e invadir la Tierra. Junto a sus guerreros, se encargará de eliminar toda vida humana en la Tierra en 6 días, el mismo tiempo en que Dios la creó. De este modo comienza La Aniquilación.

Liu Kang, Johnny Cage, Raiden, Sonya y la princesa Kitana asombrados por la rápida invasión de los guerreros deberán recurrir a una vieja leyenda la cual dice que la única salida para cerrar los portales (la puerta para pasar del Outworld a la Tierra y viceversa), es juntando a Sindel con su hija, la Princesa Kitana; de modo que el hechizo de resurrección del alma de Sindel termine y al mismo tiempo el plan de Khan acabe.